Miasto Wuyishan (w Górach Wuyi) ma długą historię. Przed panowaniem dynastii Qin, pierwszej chińskiej feudalnej dynastii, było ono głównie osiedlem narodu Yue (po chińsku: Baiyue). Po zjednoczeniu Chin przez cesarza Qishihuang założono w tym miejscu region administracyjny pod nazwą Zhongjun, a w strefie Gór Wuyi założono miasteczko graniczne. W 994 roku założono w tym samym miejscu powiat Chong'an. W czasie panowania dynastii Song słynny konfucjonista Zhu Xi podróżował w prowincji Fujian i tutaj wykładał. Zatrzymał się on w Chong'an przez długi czas. W 1989 roku zmieniono powiat Chong'an na miasto Wuyishan.
Dzięki wprodzeniu polityki reform i otwarcia miasto Wuyishan rozwijało się bardzo szybko, zwłaszcza jego infrastruktura. Podczas ósmej pięciolatki, VIII planu rozwoju gospodarki narodowej Chin, zbudowano w tym mieście lotnisko Wuyishan, kolej Hengnan i drogę Nanwu. Kilkanaście linii lotniczych łączy miasto Wuyishan z głównymi miastami Chin i innymi krajami. Dzięki temu turyści mogą dogodniej docierać do Gór Wuyi i podróżować po tym mieście.
